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A segunda série segue os eventos do segundo jogo com foco no continente perdido de Mu. A antiga civilização desapareceu há muito tempo, e alguns de seus remanescentes ainda existem como mitos e lendas chamados UMAs (Animais Misteriosos Não Identificados semelhantes aos FM-ians que também têm a capacidade de se fundir com humanos). As UMAs começam a se fundir com humanos para procurar os tesouros de Mu, os poderosos OOPArts, que lhes darão o poder de reviver Mu. Depois que Geo e Omega-Xis encontram vários inimigos incomuns, eles encontram um professor chamado Doutor Vega que os envia em uma busca para encontrar as OOPArts e parar os UMAs. Usando as OOPArts, Mega Man é capaz de tomar novas formas, principalmente a forma thunder zerker empunhando espadas. Perto do fim, Geo descobre que o Doutor Vega e seu cúmplice Hollow estão manipulando Geo para usar as OOPArts para o renascimento de Mu e a força devastadora conhecida como Le Mu. Mas mega man combina as três OOPArts juntos, formando Tribe King,