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A história se passa na cidade japonesa "Sonohara", e gira em torno de uma guerra secreta que vem acontecendo em baixo do olho do público desde 1947 e um grupo de pessoas envolvidas na guerra. O protagonista é um jovem estudante chamado Asaba Naoyuki, que, no seu último dia de férias de Verão, entra a noite escondido em sua escola para nadar na piscina. No entanto, após a chegada à piscina, ele conhece a misteriosa Kana Iriya, que estava lá pelo mesmo motivo. No entanto, ela não sabe nadar, então Asaba se oferece para ensiná-la a nadar. Durante esta aula particular, um grupo de pessoas aparece em busca de Iriya para levá-la de volta à base da Força Aérea nas proximidades onde ela está hospedada.